崇明縣目前由崇明、長興、橫沙等三島組成，三島陸域總面積1411平方公里。
其中崇明島位于西太平洋沿岸中國海岸線的中點地區，地處中國最大河流長江入海口，是全世界最大的河口沖積島，也是中國僅次于臺灣島、海南島的第三大島嶼，有“長江門戶、東海瀛洲”之稱。全島三面環江，一面臨海，西接滾滾長江，東瀕浩瀚東海，南與浦東新區、寶山區及江蘇省太倉市隔水相望，北與江蘇省海門市、啟東市一衣帶水。全島面積1267平方公里，東西長80公里，南北寬13至18公里。島上地勢平坦，無山崗丘陵，西北部和中部稍高，西南部和東部略低。90%以上的土地標高（以吳淞標高0米為參照）在3.21米至4.20米之間。島嶼地理位置在東經121°09′30〃至121°54′00〃，北緯31°27′00〃至31°51′15〃，地處北亞熱帶，氣候溫和濕潤，年平均氣溫15.2℃，日照充足，雨水充沛，四季分明。島上水土潔凈，空氣清新，生態環境優良，居民平均壽命76.7歲。
長興島位于吳淞口外長江南水道，東鄰橫沙島，北伴崇明島。島呈帶狀，東西長26.8公里，南北寬2 ~ 4公里。面積88平方公里，其中灘涂面積8.5平方公里，可耕地面積26.2平方公里（不包括前衛農場）。南沿有深水岸線近20公里，一般水深-12米至-16米，最深處-22米，可停靠30萬噸級輪船。
橫沙島是長江入海口最東端的一個島嶼，三面臨江，一面臨海。背靠長興，北與崇明島遙相呼應，南與浦東隔江相望。島呈海螺形，南北長 12公里左右，東西寬8公里左右。平均海拔2.8米。總面積56平方公里，其中可耕地面積26.8平方公里。目前尚有灘涂資源0米以上20萬畝、-5米以上67萬畝。周邊岸線30余公里，其中南端約有2公里深水岸線，水深-12米左右。